Структуру Східноукраїнської організації "Центр педагогічних досліджень" складає Правління організації та Тематичні секції, функція яких полягає в об'єднанні студентів, аспірантів, молодих вчених і дослідників відповідно до їх сфер наукових інтересів.

Основні тематичні секції, які функціонують в рамках Центру:

• Болонський процес і освітня система України (функціонує з березня 2009 року).
• Інформаційні технології та наука (з грудня 2010 року).
• Інновації в освіті (з листопада 2010 року).
• Сучасні методи і технології викладання (з квітня 2010 року).
• Психологія людини (з червня 2009 року).
• Соціальна і політична соціологія (з червня 2009 року).

Робочі засідання секцій відвідують як зацікавлені молоді дослідники проблем педагогіки і психології, так і ті, хто вже зробив перші кроки у своїх наукових пошуках. Розклад роботи секцій буде опубліковано на нашому сайті незабаром.